Fonden for Håndværkskollegiers ledelse består af direktør Kristian May og administrationschef Tine Pernille Rohde. Tilsammen varetager de fondens daglige ledelse.
Fonden for Håndværkskollegiers bestyrelse består af fem medlemmer. Bestyrelsesmedlemmerne er udpeget på baggrund af deres personlige egenskaber og kompetencer, under hensyn til bestyrelsens samlede kompetencer.